故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列爲學校課程的一部分。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱爲學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競争。根據能力不同，可以分爲6級，從無能力（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上條當麻是學園裏的一個無能力者，但并非完全沒有能力，而是他的能力是能夠将一切異能效果無效化。他隻有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇迹都能抹殺的能力取名爲“幻想殺手”。而正因爲他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導緻自己一直過着不幸的生活。某一個暑假的日子，在家裏的陽台上，他遇見了一位修女，這位少女自稱自己的名字叫禁書目錄（Index），并是從魔術的世界逃了出來，現在正在被魔術師追趕中。就這樣，上條當麻一腳踏進了奇妙而美麗的世界，開始了戰鬥……掌握了十萬三千本究極魔法書（魔導書）的少女與擁有抹殺一切奇迹的上帝之手的少年，将面臨一系列故事……