頭部兩側各有類似貓耳的角，被稱爲二觭人的女性變異人(新人類或超能力者)，因爲具有毀滅人類的力量，位于日本神奈川縣鐮倉市外海的離島上的國立生态研究所，便機密地将這些女孩隔離起來并加以研究。某日，研究所内發生重大的意外事故。原本被隔離的二觭人少女露西，因爲警衛的疏忽，得以突破拘束裝置，并殺害研究所内的武裝警衛，連研究所室長藏間的秘書如月都慘遭殺害。雖然狙擊手以穿甲彈瞄準她的頭部開槍，卻僅擊破其鐵頭盔；露西雖然頭部受傷流血并墜入海中，仍得以幸存并成功逃亡。事件發生的次日，爲了讀大學而前往鐮倉找親戚幫忙的青年-耕太，和年幼玩伴的堂親-由香久别重逢。相偕出遊至充滿回憶的海濱，碰上了因頭部受傷故造成另一個人格取而代之的露西；她隻會發出Nyu的聲音，因此被取名爲妮悠。妮悠對于自己是使人類滅亡的存在一無所知，耕太和由香兩人便決定帶到他們居住處的楓莊暫時定居下來。此時，研究所出動了SAT（特殊突擊部隊）欲獵殺逃走的露西，SAT的隊員-坂東在海岸邊發現了人格轉換的妮悠。原本任務即将成功，卻因爲妮悠恢複了露西的人格，與坂東同行的隊員全數遭殺害，僅存戰敗後身受重傷（失去右臂與雙眼）的坂東一人。誓言對露西複仇的他，借由研究所的科學技術重新複活，後來逃出研究所、脫離SAT并回到鐮倉，不擇手段地搜尋露西的下落??